Zbirke 1 Pretpovijesna arheološka zbirka
Premda je Muzej grada Zagreba 2007. godine proslavio stotu obljetnicu svoga rada, arheološka zbirka novijeg je datuma i osnovana je 1993. godine, kada je u Muzeju po prvi put otvoreno mjesto arheologa. Zbog velikih arheoloških istraživanja (1989.-1995.) tijekom obnove glavne muzejske zgrade (samostana klarisa) te izvedbe novog stalnog postava, ali i sve većih potreba arheoloških istraživanja u staroj gradskoj jezgri, 1997. godine Muzej je zaposlio i drugog arheologa. Time su stvorene pretpostavke za podjelu arheološke zbirke na pretpovijesnu i srednjovjekovnu unutar kojih je bilo moguće rasporediti gotovo čitav arheološki fundus Muzeja.
Zbog intenzivnih iskopavanja koje Muzej provodi na području grada i njegove bliže okolice, te velike količine novoprikupljenog materijala, razmišlja se i o osnivanju novih zbirki (primjerice numizmatičke i novovjekovne).
Pretpovijesna zbirka Muzeja grada Zagreba sadrži nalaze koji su prikupljani poklonima, rekognosciranjima i iskopavanjima. Većina nalaza prikupljena je zadnjih dvadesetak godina, kada su i istraživanja intenzivirana. Pretpovijesne nalaze koje čuva MGZ, a pronađeni su u stručnim iskopavanjima možemo promatrati kroz tri grupe.
Prvu grupu predstavljaju nalazi prikupljeni pri istraživanju nalazišta Muzej grada Zagreba (samostan klarisa).
Premda se i ranije predmnijevalo, a raniji slučajni nalazi u podgrađu ukazivali da je Gradec bio i u pretpovijesti značajno naselje, ovi su nalazi prvi pokazali veličinu i značaj zagrebačkoga Gradeca u prvom tisućljeću pr. Krista.
Brojnost predmeta i kvaliteta izrade kasnobrončanodobnih i željeznodobnih keramičara i ljevača ukazuju na visoku kvalitetu življenja na brdu Gradec.

Drugu grupu čine nalazi prikupljeni u zaštitnim iskopavanjima na različitim lokacijama, posebice na Gornjem gradu (Markov trg, Grič, Demetrova 7 itd.), koji su samo upotpunili spoznaje o pretpovijesnom Gradecu, kako kulturno tako i vremenski. Ustanovljeno je da je gradečki plato u cijelosti bio naseljen još od kraja drugog tisućljeća pr. Krista. Nedvojbeno je da je Gradec tada bio veliko regionalno središte, koje je odigralo važnu, a vrlo vjerojatno i dominantnu ulogu u formiranju kulturnog identiteta cijeloga kraja.
Treću grupu čine nalazi iskopani na nalazištu Budinjak u Žumberku, gdje MGZ sustavno provodi istraživanja od 1993. godine. Budinjak je smješten u središnjem dijelu Žumberačke gore na nadmorskoj visini od 740 m, pedesetak kilometara zapadno od Zagreba. Riječ je o utvrđenom naselju (gradini Židovske kuće) i nekropoli tumula (grobnih humaka) iz vremena starijeg željeznog doba (halštatske kulture). Šira istraživanja ovog nalazišta trebala bi pojasniti načine ukopa i dati nove nalaze i spoznaje o halštatskoj kulturi sjeverozapadne Hrvatske.


Bogatstvo do sada pronađenih nalaza na nekropoli u Budinjaku, svjedoči o ekonomskoj snazi stariježeljeznodobne populacije koja je živjela na budinjačkoj gradini. Ta je ekonomska snaga usporediva s onom najbogatijih željeznodobnih nalazišta s jugoistočnog alpskog prostora. Značaj i važnost pronađenih nalaza svjedoče o važnosti istraživanja tog nalazišta za proučavanje srednjoeuropske pretpovijesti (halštatske kulture).
Voditelj zbirke: Želimir Škoberne
Vezane izložbe:
Zagreb prije Zagreba, Muzej grada Zagreba, 1994.
Budinjak - kneževski tumul, Muzej grada Zagreba, 1999.
Žumberak: 20 godina poslije... (Gornja Vas 1982. - Budinjak 2001.), Samoborski muzej, 2001.
Žumberak: 20 godina poslije... (Gornja Vas 1982. - Budinjak 2001.), Budinjak, 2001.
Budinjak i Libna: kacige istog ljevača?, Krško, 2001.
Kacige u Hrvatskoj, Galerija Zvonimir, 2001.
Oživljene kulture - arheološka otkrića na Gorjancima/Žumberku, Ljubljana, 2002.
Žumberak - od prapovijesti do kasne antike, Arheološki muzej u Zagrebu, 2002.
Željezno i rimsko doba na Žumberku / Gornja Vas, 1982. - Budinjak, 2002., Zavičajni muzej Ozalj, 2003.
Potok u srcu Zagreba - Uz potok Medveščak od izvora do ušća, Muzej grada Zagreba, 2005.
Vezana izdanja:
Škoberne, Želimir. Povijest istraživanja. // Zagreb prije Zagreba /
urednik Ante Rendić-Miočević. Zagreb : Arheološki muzej u Zagrebu ;
Muzej grada Zagreba ; Sesvete : Muzej Prigorja ; Velika Gorica :
Muzej Turopolja, 1994. Str. 13-18.
Škoberne, Želimir. Željezno doba. // Zagreb prije Zagreba /
urednik Ante Rendić-Miočević. Zagreb : Arheološki muzej u Zagrebu ;
Muzej grada Zagreba ; Sesvete : Muzej Prigorja ; Velika Gorica :
Muzej Turopolja, 1994. Str. 30-32.
Škoberne, Želimir. Budinjak : kneževski tumul.
Zagreb : Muzej Grada Zagreba, 1999.
Škoberne, Želimir. Budinjak : kneževski tumul : katalog izložbe.
Zagreb : Muzej grada Zagreba, 1999.
Škoberne, Želimir. Budinjak in Libna : Čelade istega livarja.
Krško : Zavarovalnica Triglav d.d., 2001.
Škoberne, Želimir. Prapovijesne kacige. // Kacige u Hrvatskoj /
urednik Zoran Batušić. Zagreb : Ministarstvo obrane Republike Hrvatske,
2001. Str. 11-35.
Škoberne, Želimir. Pregled pretpovijesnih arheoloških istraživanja
u Žumberku. // Žumberak : od prapovijesti do kasne antike
/ urednica Vesna Horak. Zagreb : Arheološki muzej u Zagrebu,
2002. Str. 32-82.
Škoberne, Želimir. Grupa Budinak. // Ratnici na razmeđu Istoka i
Zapada : Starije željezno doba u kontinentalnoj Hrvatskoj / ur.
Dubravka Balen-Letunić. Zagreb : Arheološki muzej u Zagrebu,
2004. Str. 131-159.
Škoberne, Želimir. Tragovi starijega željeznog doba središnje
Hrvatske u prostoru između definiranih kulturnih skupina. // Ratnici
na razmeđu Istoka i Zapada : Starije željezno doba u kontinentalnoj
Hrvatskoj / ur. Dubravka Balen-Letunić. Zagreb : Arheološki muzej u
Zagrebu, 2004. Str. 160-171.
Vezani publicirani radovi:
Škoberne, Želimir. Nalaz neuobičajene višeglave igle s budinjačke nekropole. // Opvscvla Archaeologica - Radovi Arheološkog zavoda, 27, (2003), str. 199-210.
Ostali vezani članci:
Begović, Sead. Od prapovijesti do seobe naroda. // Vjesnik, 17. rujna 2001., str. 19.
Izložba o Žumberku gostuje u Sloveniji. // Vjesnik, 25. travnja 2002., str. 15.

